電子帳簿保存法の改正と、その後の宥恕措置の終了により、2024年1月から電子データで授受した請求書は、原則として電子データのまま保存する必要があり、紙に出力したものだけを保管する方法は認められなくなりました。

この記事では電子帳簿保存法のもとで、請求書をどのように保存すべきかを紹介します。発行側・受領側それぞれの要件、保存期間、実務フローなども含めて解説していますので、ぜひ参考にしてください。

1. 電子帳簿保存法と請求書に関するルールの基本を理解しよう

電子帳簿保存法は、国税関係の帳簿や書類を電子データで保存する際のルールを定めた法律です。まずは、電子帳簿保存法における税務関係の帳簿や書類をデータ保存する際のルール（制度）の全体像を正しく把握しておきましょう。

1-1. 電子帳簿保存法の3つの制度と位置づけ

電子帳簿保存法には、国税関係の帳簿・書類の保存に関する以下の3つの制度があります。それぞれの扱いは、帳簿・書類を自社で電子的に作成したか、取引先と「紙」「電子データ」のどちらで授受したかによって変わります。

詳しい対応方法は＜受領側＞＜発行側＞に分けて後述します。

1-2. 2024年1月から何が変わった？│実務への影響は？

2024年1月1日から、電子データで授受した請求書などを、紙に印刷して保存することを認める「宥恕（ゆうじょ）措置」が終了しました。これにより、請求書などの電子取引データは電子帳簿保存法の要件（検索機能の確保や改ざん防止措置など）を満たしたうえで、電子データのまま保存することが、原則として義務化されています。

なお、現在は「猶予措置」が設けられています。これは、保存要件どおりに保存できなかったことについて所轄税務署長が相当の理由があると認め、かつ税務調査の際に電子データのダウンロードの求めと出力書面の提示・提出の双方に応じられる場合に適用されるもので、事前申請は不要です。事業者の規模などの属性によって適用が決まるものではありません。

ただし、猶予措置が適用されても、電子データそのものを保存する義務はなくなりません。免除されるのは検索機能の確保や改ざん防止措置といった保存要件であり、データを廃棄して紙だけを残すことは認められません。

中小企業や個人事業主も例外なく電子取引データの保存の対象です。ただし、事業規模や保存状況によって、検索要件の緩和や猶予措置など、必要な対応が異なる可能性があります。自社の状況に合わせて、必要な対応が取れているかを確認しておきましょう。

出典：国税庁「電子帳簿保存法の内容が改正されました」
https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/pdf/0023003-082.pdf

2. ＜受領側＞請求書の保存方法

請求書は、受領した媒体（紙か電子）によって保存要件が異なります。前述した3つの制度をもとに、場面別で整理しました。

同じ請求書でも、紙で届けば「紙保存」または「スキャナ保存」、メールで届けば「電子取引データの保存」と、異なる対応が必要です。

また、現時点で扱っている請求書が紙だけであったとしても、取引先が請求書のPDF送付など電子取引を開始した時点で、電子取引の保存義務が発生します。

2-1. 紙でもらった請求書を「紙のまま」保存する場合

郵送や手渡しなどで受け取った紙の請求書は、そのまま原本（紙）として保存することが可能です。ただし紙で受領した場合に限られ、電子データで受け取った請求書については、紙に出力したものだけを保存し、元のデータを廃棄することは認められていません（社内確認用に紙を併用すること自体は差し支えありません）。

一般的に、原本保存は「月別や取引先別にバインダーへ綴じる」「封筒に入れて原本を保管する」などの方法で行われます。スキャナによる読み取りや、システムへのアップロード作業が不要なため、導入コストを抑えてすぐに運用を開始できる点がメリットです。一方で保管スペースの確保が必要、特定の請求書を探しにくいといったデメリットがあります。

2-2. 請求書を「電子データ」で保存する場合

請求書を電子データとして保存するには、以下の2つのパターンがあります。

紙で受領した請求書は、電子データでの保存も認められています。また、入力期限内にスキャナ保存の要件（後述）を満たして保存した後は、紙の原本を破棄することも可能です。

電子データで受領した請求書（例：サイトからのダウンロード、メール添付など）は電子データのまま保存することが義務化されています。以前は電子データの請求書を印刷し、紙で保管することも認められていましたが、経理業務のデジタル化を進める目的で、法改正により取り扱いが変更されました。

2-2-1. 電子データとして保存する場合の要件

電子データとして保存する際は、保存方法に応じて、以下の要件を満たす必要があります。

スキャナ保存の要件については、以下の記事もあわせてご参照ください。

【参考記事】
電子帳簿保存法のスキャナ保存とは？国税庁が規定する要件と、改正で緩和されたルールを改めて解説

2-2-2. 事務処理規程はどう作る？国税庁のひな形の使い方

改ざん防止措置として「事務処理規程」を選ぶ場合、国税庁が公開しているひな形を利用できます。国税庁の電子帳簿等保存制度特設サイトでは、法人用・個人事業者用の「電子取引データの訂正及び削除の防止に関する事務処理規程」のサンプルがWord形式で無償公開されています。

作成の手順は、①自社が対象とする電子取引データの範囲を決める、②訂正・削除を行う場合の申請・承認の手順と責任者を定める、③規程を社内に備え付けて周知する、の3ステップです。ひな形の空欄を埋めるだけでも形は整いますが、規程を定めただけで運用されていない状態では要件を満たしません。実際に承認の記録を残せる体制まで整えておくことが重要です。

2-2-3. 実務で「検索機能の確保」を効率的に行うためには

電子データ保存は要件を満たせていれば、自社で使っているストレージ（Google Drive、Dropboxなど）を利用しても問題ありません。

一方で、ストレージを活用するうえで実務上の負担となるのが「検索機能の確保」です。税務調査が入った際に「取引年月日・取引金額・取引先」などの条件を指定して検索できるよう、以下のような方法でデータを整理しておく必要があります。なお、検索機能の確保には、この3項目による検索のほか、「日付・金額の範囲指定検索」「2項目以上の組合せ検索」も含まれます。ただし、税務調査の際に電子データのダウンロードの求めに応じられる場合は、この2つは不要です。

例：
● ファイル名の設定作業：「20260301_〇〇株式会社_100000.pdf」など
● 台帳（索引簿）の作成：Excelなどで「日付／取引先／対象ファイル」を紐付けて記載

しかしこれらの作業は「毎回労力がかかる」「手入力による入力ミスが発生しやすい」「属人化しやすい」といったデメリットがあります。

そこでおすすめなのが、電子帳簿保存法の要件を満たしたOCRシステムの活用です。AI-OCR搭載の文書管理サービス「PATPOST」は、文書の読み取りだけでなく電子帳簿保存法の保存要件に対応した保管領域を備えており、要件を満たす運用を支援します*1。実際の法令対応は、自社の運用ルールとあわせてご判断ください。

なお、PATPOSTはJIIMA「電子取引ソフト法的要件認証」および「電帳法スキャナ保存ソフト法的要件認証」を取得しています。必要に応じて、項目抽出機能を利用することで、「日付・取引先・金額」などの情報を抽出し、検索に必要な情報の登録・管理を効率的に行えます。

手入力やファイル名設定の作業を減らせる可能性があり、検索にかかる手間も抑えやすくなります。くわしい機能は「PATPOSTの機能一覧」をご覧ください。

*1 電子取引データの保存の場合は、別途、訂正・削除防止に関する事務処理規程の制定・遵守が必要となります。

2-3. 紙とPDFの両方を受け取ったときはどちらを保存する？

同じ請求書を紙とPDFの両方で受け取った場合、両者の内容が同じで、紙を正本として扱うことを社内などで取り決めているときは、紙の保存のみで足ります。ただし、PDFやメール本文に紙の請求書にはない情報が含まれているなど、内容が異なる場合は、紙とPDFの両方を保存する必要があります。

どちらを正本とするかは、取引先との取り決めや社内ルールで明確にしておきましょう。判断に迷う場合は、受け取ったすべての媒体を保存しておくと安全です。

3. ＜発行側＞請求書の発行側が押さえるべき要件

請求書の発行側にも、請求書の控え（写し）を適切に保存する義務が生じる場合があります。

3-1. 「適格請求書（インボイス）発行事業者」は「控え」の保存義務あり

前提として請求書を発行する側には、請求書の控えを「作成する」義務はありません。ただし、請求書の写しを「作成した場合」は保存義務があります。

また、インボイス制度では、適格請求書（インボイス）発行事業者の場合、控えの作成・保存が義務化されています。この控えは複写に限らず、記載事項が確認できるもの（適格簡易請求書に係るレジのジャーナルなど）でも問題ありません。

まとめると、以下のとおりです。

参照：
国税庁「No.5930 帳簿書類等の保存期間」
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5930.htm
国税庁「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ＆A」
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/qa_01.htm
e-Gov 法令検索「法人税法施行規則」
https://laws.e-gov.go.jp/law/340M50000040012
e-Gov 法令検索「消費税法 第57条の4第6項」
https://laws.e-gov.go.jp/law/363AC0000000108

3-2. 発行側も電子保存が必要になるケース

自社が発行した請求書の保存要件は、受領側と同様に「紙」か「電子データ」かによって区別されます。

一般的に見られる「PCで作成し、印刷して郵送した請求書」の場合は「紙のまま」もしくは「スキャナ保存」の対応が原則ですが、PCで作成した元データ（PDFなど）をそのまま自社控えとして電子保存することも可能です（これは3つの制度のうち①電子帳簿等保存に該当します）。ただし、この場合は電子帳簿保存法の要件（最初の記録段階から一貫してパソコン等で作成していることなど）を満たす必要があります。

4. 請求書の保存期間と違反リスクは？

請求書の保存には法的期限が定められています。要件を満たさない場合、青色申告承認の取消や仕入税額控除の否認といったさまざまなリスクがあるため、保存期間と要件を正しく押さえておきましょう。

4-1. 請求書の保存期間

請求書の保存期間は「事業主体（法人／個人事業主）」や「欠損金（赤字）の有無」によって異なります。

※請求書等の書類は5年ですが、帳簿は青色申告の場合7年です。 

いずれも、保存期間は確定申告書の提出期限の翌日から起算します。実務上は誤って破棄する事態を防ぐためにも、社内ルールとして一律「10年保存」と設定しておくと、取り違えを防ぎやすくなります。 

また、クラウド請求書サービスを利用している場合でも、サービスの解約や終了、予期せぬ障害によって過去データへアクセスできなくなる可能性があります。

保存義務は最終的に自社が負うため、法定期間中（原則7年、欠損金がある法人は10年）は、ファイルサーバーやオンラインストレージ、外付けハードディスクなどを活用し、自社でもバックアップを確保しておくことが大切です。 

4-2. 要件違反時に起こりうるリスク

電子取引データを要件どおりに保存できていなかった場合や、データの改ざん・隠蔽があった場合には、税務上さまざまなリスクが生じます。ここでは代表的なリスクを紹介します。 

4-2-1. ①帳簿書類を要件どおりに保存していなかったとき

帳簿書類を保存要件どおりに保存していなかった場合、青色申告の承認が取り消されることがあります。取り消しとなった場合、欠損金の繰越控除（赤字を翌年以降の利益と相殺する制度）が使えなくなる場合があります。その結果、本来なら赤字と相殺できた課税所得にそのまま法人税がかかり、納税負担の増加とキャッシュフローの悪化を招く可能性があります。 

ただし、直ちに取り消されるわけではなく、保存状況などを総合的に勘案して判断されます。 

4-2-2. ②電子取引データの改ざん・隠蔽があったとき

重加算税は、隠蔽・仮装といった不正行為があった場合に課されるものです。電子取引データの改ざんや隠蔽・仮装が発覚した場合は通常の重加算税（過少申告・不納付の場合は35％、無申告の場合は40％）に、さらに10％が上乗せされます。本来35％のケースなら45％まで税率が上がる計算です。 

ただし令和7年度税制改正により、電子取引データについて一定の要件を満たすシステム*2 を利用して授受および保存されている場合は、電子取引データに係る重加算税の10％加算措置は適用されません。なお、この適用除外を受けるには、要件を満たすシステムの利用に加えて、事前に届出書を提出しておく必要があります。また、不正行為（隠蔽・仮装）があった場合の重加算税そのものが免除されるわけではありません。

この改正は、令和9年（2027年）1月1日以後に法定申告期限が到来する国税から適用されます（詳しくは国税庁による公式情報をご参照ください）。 

参照：
国税庁「請求書等を帳簿に自動連携する仕組みに対応した制度が新設されました」
https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/pdf/0025003-097_01.pdf
財務省「令和7年度税制改正の大綱」
https://www.mof.go.jp/tax_policy/tax_reform/outline/fy2025/07taikou_07.htm
財務省「令和４年度改正関係資料（納税環境整備関係）」
https://www.mof.go.jp/tax_policy/summary/tins/r4kaiseinoukan.pdf           

*2 デジタルシームレスソフト法的要件認証は、令和7年度税制改正で新設された「特定電子計算機処理システム」への適合をJIIMAが認証する制度です。PATPOSTは2026年9月30日時点で同認証を取得していません。

4-2-3. ③適格請求書の要件を満たさない請求書だったとき

仕入税額控除を受けるには、登録番号や適用税率・税額など、適格請求書（インボイス）として必要な記載事項を満たした請求書などを保存しておく必要があります。これらの記載要件を満たさない請求書では、本来差し引けたはずの消費税の控除が認められないことがあります。 

記載要件の不備は取引単位で控除額に影響するため、金額的な影響が大きくなりやすい点に注意が必要です。 

5. よくある質問（Q&A）

電子帳簿保存法における請求書の扱いについて、よくある質問をまとめました。 

Q. 紙でもらった請求書は必ずスキャンが必要ですか

A. 必ずしもスキャンする必要はありません。紙で受領した請求書は、「紙の原本」として保存し続けられます。ただし、紙の請求書を電子データ化（スキャナ保存）する場合は、解像度や入力期限などの「スキャナ保存要件」を厳格に守る必要があります。 

Q. PDFを印刷して保存すれば問題ありませんか

A. 電子取引（メールなど）で受け取った請求書について、紙に出力したものだけを保存し、元のデータを廃棄することは要件を満たしません。2024年1月以降、メール添付のPDFやWebからダウンロードした請求書は「電子取引」に該当し、データのまま保存することが義務化されました。「紙」だけでの保存は、原則として法令違反となります。 

Q. ファイル名に決まりはありますか

A. ファイル名の指定はありませんが、電子帳簿保存法では「取引年月日・取引金額・取引先」での検索が求められているため、検索要件を満たす工夫は必要です。ファイル名の方式を統一して管理するか、専用のシステムにアップロードし、システム側でこれらの項目をデータとして保持できるようにする必要があります。 

Q. 猶予措置を使えば、紙で保存するだけでよいのですか

A. いいえ。猶予措置が適用されても、電子データそのものを保存する義務は残ります。免除されるのは検索機能の確保や改ざん防止措置といった保存要件であり、データを廃棄して紙だけを残すことは認められません。 

まとめ

電子帳簿保存法における請求書対応は、受領側には保存義務があり、発行側も、控えを作成した場合や適格請求書発行事業者である場合には保存義務があります。特に電子取引データは電子保存が必須であり、紙での代替は認められません。検索要件や保存期間を正しく理解し、実務フローを整備することが重要です。法令対応を単なる義務で終わらせず、業務効率化の機会として活用していきましょう。 

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*3 電子取引データの保存の場合は、別途、訂正・削除防止に関する事務処理規程の制定・遵守が必要となります。
*4 契約期間は1年となります。初年度の解約無料期間を除く契約期間中の解約は不可となります。初年度（解約後に再契約した場合の初年度を除きます。）は無料期間終了日の翌日に11カ月分のご請求が発生します。

プロフィール

公認会計士・税理士・ファイナンシャルプランナー
内山 智絵 

大学在学中に公認会計士試験に合格し、卒業後は大手監査法人の地方事務所で上場企業の法定監査などに10年ほど従事。出産および育児をきっかけに退職後、会計事務所を開業。中小監査法人での監査業務に加え、起業女性の会計や税務サポートなどを中心に行っている。